Идём в "Создать сервер". Выбираем путь нового сервера (ВАЖНО! В пути нового сервера не должно быть пробелов, в противном случае программа выдаст ошибку) Дождитесь начала загрузки файлов, она может не скоро начаться. Должно открыться черное окно, дождитесь начала загрузки сервера. В той папке которую вы выбрали будет скопирована папка server. В дальнейшем там будет ваш сервер.

=======================CAUTION========================== 
Если при создании сервера черное окно быстро закрываеться и у вас не загрузился сервер то это значит, что вышла новая версия HldsUpdateTool. Поэтому когда устанавливаете сервер по инструкции, после создания сервера зайдите в папку которую вы указали, там будет единственный файл расширения .bat, запустите его. Потом запустите HldsUpdateTool.exe в той же папке и снова запустите файл *.bat и у вас через некоторое время должно начаться загрузка файлов сервера. 
=======================CAUTION==========================

Дальше смотрим мануал по настройке сервера.

В программу встроен генератор clients.txt для упращения создания админа.

2) Запуск сервера

Тут ничего сложного нету, выбираем путь к файлу srcds.exe который лежит в вашей папке сервера, выбираем игру и смело жмём "Start" НО! сначала надо указать параметры запуска и насроить его!

3) Параметры запуска

Как вы видите, тут есть поля ввода и просто на выбор. В полях ввода пишите без всяких дополнительных символов, ip адресс указывать необязятельно если у вас одна сеть. (темболее если сервер не запускается, ругаясь на порт "could't allocate dedicated server UPD port")

(4 дополнительное поле)В это поле вводятся команды в соответствии с видом команд для srcds.exe, если вы не опытный пользователь,то лучше эту строку не трогать, а оставить так как есть. Ниже приведены некоторые дополнительные команды и их описание.

Команды SrcDS: 
+hostport <порт> 
Задает порт хоста. 
+clientport <порт> 
Задает порт клиента. 
+tv_port - указывает UDP порт, на котором запускается SourceTV. По умолчанию используется порт 27020, если он занят, автоматически используется следующий 
-dev 
Показывать сообщение разработчика. 
-debug 
Режим разработки. 
-verify_all 
Производит проверку на то, что каждый файл сервера последней версии. 
-master 
если сервер не находиться в поиске, запускайте с этим параметром (сервер авторизовается в WON). -nomaster соответственно отключает эту возможность не добавляя ваш сервер в систему поиска.

----------Обновление--------- 
Жмём на кнопку обновления, при создании сервера в папке срвера был создан файл HldsUpdateTool.exe, нам нужно выбрать его и выбрать игру на главной панеле, теперь и дождитесь начала проверки файлов.